Во времена Союза, в 1952 году в городе Фрунзе был создан сектор геофизики, где работали всего три человека. В 1960 году был организован отдел сейсмологии при Институте математики, а в 1963 году — при Институте геологии.
20 января 1975 года был учреждён самостоятельный Институт сейсмологии Академии наук Киргизской ССР. Это уникальное учреждение, которое занимается регистрацией, хранением, прогнозированием и анализом сильных, средних и слабых землетрясений в Кыргызстане. В 1979 году при институте была создана опытно-методологическая сейсмическая экспедиция, позже вошедшая в состав самого института.
По словам сейсмологов, землетрясения происходили на всей территории страны, за исключением акватории озера Иссык-Куль и Аксайской впадины на границе с Китаем. За последние 120 лет было зарегистрировано три крупных землетрясения силой более 8 баллов и десять — более 7 баллов. В январе прошлого года сильное землетрясение в соседнем Китае оказало значительное влияние на Кыргызстан и Казахстан.
Что касается руководителей, до создания института сейсмологии сектор геофизики и отдел сейсмологии Академии наук Кыргызской ССР с 1952 по 1971 годы возглавляла академик, доктор физико-математических наук Евдокия Розова. С 1971 по 1975 годы отделом сейсмологии Института геологии руководил кандидат физико-математических наук Валерий Грин. С 1975 по 1983 годы Институт сейсмологии возглавлял доктор геолого-минералогических наук, член-корреспондент Академии наук Калый Калмурзаев. Затем, с 1983 по 1987 годы — доктор геолого-минералогических наук, член-корреспондент Владимир Кнауф. С 1988 по 1993 годы — член-корреспондент Академии наук Кыргызской ССР и Российской академии наук, доктор геолого-минералогических наук Феликс Николаевич Юдахин. С 1994 по 2005 годы — член-корреспондент Академии наук, доктор геолого-минералогических наук Аскер Турдукулов. С тех пор и по настоящее время Институт сейсмологии возглавляет Канатбек Абдрахматов, ныне президент Национальной академии наук при Президенте Кыргызской Республики.
При институте круглосуточно работает сейсмическая служба. С помощью специальных приборов сотрудники отслеживают состояние земной коры, немедленно сообщают о землетрясениях в МЧС, а через полчаса предоставляют уточнённую информацию. В настоящее время в институте функционируют 5 лабораторий, центр комплексного мониторинга, 21 сейсмическая станция, 21 станция сильных движений, 3 геомагнитные станции и 5 биохимических станций. Однако этого недостаточно для современных потребностей.
В прошлом году при поддержке Китая была построена геомагнитная обсерватория в Жумгальской впадине, на что было потрачено 220 тысяч долларов. Центр анализа данных осуществляет мониторинг сейсмической обстановки. Более того, специалисты могут отслеживать движение и разрушение ледников Кыргызстана. В архиве института хранится более 100 тысяч цифровых записей землетрясений, представляющих исторический и научный интерес.
Под руководством Канатбека Абдрахматова Институт сейсмологии в последние годы реализовал множество проектов, привлёк зарубежное финансирование, приобрёл современное оборудование, обновил здания, укрепил работу лабораторий и центров, успешно выполняя свои задачи.