Ботанический сад — это научное учреждение, входящее в структуру Национальной академии наук Кыргызской Республики. Он функционирует в соответствии с Законом Кыргызской Республики «О науке», Земельным кодексом, Уставом НАН КР и другими нормативными правовыми актами. Все земельные участки сада закреплены за институтом на праве постоянного (бессрочного) пользования. Они имеют статус особо охраняемой природной территории и не подлежат передаче физическим или юридическим лицам на условиях аренды, субаренды, концессии или других договоров. Ведение коммерческой деятельности на территории сада полностью запрещено.
В настоящее время по поручению государства на территории сада реализуется проект комплексной реконструкции и модернизации. Его цель — восстановление и развитие научного, экологического и культурного потенциала сада. Особое внимание уделяется сохранению коллекционной дендрофлоры — берёзы, ели, сосны, пихты, кыргызского ореха и других ценных древесных пород. На территории сада создаётся инженерная и экологическая инфраструктура: пешеходные, велосипедные и спортивные дорожки, бурится скважина глубиной 200 метров, устанавливаются ирригационные системы и защитные ограждения.
Осенью начнётся этап озеленения и ландшафтного обновления сада с соблюдением научных принципов. Будут созданы экспозиционные участки, представляющие природную флору Кыргызстана и декоративные растения из других регионов мира. Строятся пять современных теплиц, где будут проводиться работы по семенному и вегетативному размножению растений, подготовке посадочного материала. Все мероприятия реализуются исключительно в научных, экологических и просветительских целях.
Институт активно развивает международное сотрудничество. Подписаны соглашения с Центром лесных исследований провинции Кёнгидо (Республика Корея), Главным ботаническим садом имени Н.В.Цицина (Россия) и другими учреждениями. Идёт процесс присоединения к международным организациям, таким как EUROGARD, BGCI и другим. Создаётся экспозиция «Корейский сад мира», символизирующая дружбу между Кыргызстаном и Республикой Корея.
Институт работает на некоммерческой основе. Лаборатория плодовых культур проводит научные исследования по землянике, малине, чёрной смородине, облепихе, жимолости, крыжовнику и другим плодовым растениям. Все исследования соответствуют государственным научным программам, принципам экологической устойчивости и научной достоверности. Экспериментальные участки не передаются в частное пользование.